Naturhistoriska centralmuseet, separat forskningsinstitution underställd Helsingfors universitet, inrättades 1988. Museet fungerar också som ett av de tre nationella centralmuseerna, med ansvar för nationalsamlingarna inom sitt verksamhetsområde. Museet, vars samlingar innehåller botaniska, zoologiska, geologiska och paleontologiska objekt från hela världen, har till uppgift att betjäna den biologiska och geologiska forskningen, undervisningen och informationen i Finland. N:s verksamhetsenheter är sex till antalet: allmänna avdelningen, botaniska museet, botaniska trädgården, dateringslaboratoriet, geologiska museet (inrymt i Arppeanum vid Senatstorget) och zoologiska museet. Det sistnämnda, med anor sedan 1858, har sina publika utställningslokaler i Naturhistoriska museet, som är inrymt i en byggnad i nybarock (L.P. Sjisko/M.G. Tjajko, 1913) i Främre Tölö.
Endast geologiska museets och Naturhistoriska museets utställningar samt botaniska trädgården i Kajsaniemi är öppna för allmänheten; de övriga enheternas vetenskapliga samlingar kan besökas enligt särskild överenskommelse.
Endast geologiska museets och Naturhistoriska museets utställningar samt botaniska trädgården i Kajsaniemi är öppna för allmänheten; de övriga enheternas vetenskapliga samlingar kan besökas enligt särskild överenskommelse.